নেপাল জানায়, তারা নিমচন্দ্র ভৌমিককে প্রত্যাহার করতে চায় কারণ তিনি পেশাগত অসদাচরণ, কূটনৈতিক নিয়ম লঙ্ঘন এবং নেপালি শিক্ষার্থীদের কাছ থেকে ঘুষ নেওয়ার অভিযোগে জড়িত ছিলেন।
তিনি নেপালি চলচ্চিত্র অভিনেত্রী মনীষা কৈরালা এবং ভারতীয় দূতাবাসের মুখপাত্রকে হয়রানির অভিযোগেও অভিযুক্ত হন।
২০১০ সালে বাংলাদেশের পররাষ্ট্র মন্ত্রণালয়ে তার বিরুদ্ধে আনুষ্ঠানিক অভিযোগ তোলা হয়।
পরবর্তীতে সরকারের নির্দেশে তার রাজনীতি পদের মেয়াদ বাড়ানো হয়নি এবং বিষয়টি খতিয়ে দেখতে একটি তদন্ত কমিটি গঠন করা হয়।
তদন্ত কমিটি গুরুতর কোনো কিছু না পেলে তাকে সম্মানের সাথে ক্ষমা করা হয়।